Semuanya dimulai ketika Will Stronghold muda, putra dari dua pahlawan super terkenal: Steve dan Josie, A.K.A. Komandan yang sangat kuat, tampaknya kebal, dan Jetstream yang terbang berkecepatan tinggi. Namun, Will sebenarnya tidak tahu apakah dia memiliki kekuatan sendiri, dan tidak memberi tahu orang tuanya tentang hal ini. Dia dan sahabatnya, Layla menghadapi hari pertama mereka di sekolah rahasia di awan seperti tidak ada orang di bumi: Sky High, sekolah menengah pertama dan satu-satunya untuk anak-anak dengan kekuatan manusia super yang sedang melalui pubertas melawan kejahatan. Namun, dengan tidak adanya kekuatan super, Will tampaknya ditakdirkan untuk tumbuh sebagai sahabat karib. Tetapi ketika dia menemukan kekuatan sejatinya, dia juga akan belajar bahwa dibutuhkan kesetiaan dan kerja tim untuk benar-benar menjadi pahlawan!