Sekelompok ninja misterius yang disebut Sora-nin dari Negara Langit membuat serangan mendadak pada Konoha. Hal ini karena Konoha hampir menghancurkan Negara Langit selama Perang Dunia Shinobi terakhir, namun mereka selamat dan sekarang mereka setelah Konoha dan Negara Api untuk membalas dendam.