Ketika Scrat secara tidak sengaja memprovokasi sebuah bencana kontinental dengan badai, Manny terpisah dari Ellie dan Peaches di gunung es dengan Diego, Sid dan Nenek tetapi dia berjanji bahwa dia akan menemukan cara untuk kembali ke rumah. Saat melintasi lautan, mereka ditangkap oleh bajak laut kejam Kapten Gutt dan krunya. Namun mereka melarikan diri dan Manny merencanakan rencana untuk mencuri kapal Kapten Gutt dan kembali ke tanah airnya dalam perjalanan berbahaya melintasi laut. Tetapi para perompak yang kejam berusaha membalas dendam terhadap Manny dan keluarga serta teman-temannya.