Satsuki dan Keiichirou Miyanoshita adalah dua bersaudara yang baru pulih dari kematian tragis ibu mereka. Setelah pindah ke kampung halaman ibu mereka, mereka mengetahui bahwa sekolah lokal tempat mereka pindah adalah sebuah bangunan tua — yang dikatakan angker. Meskipun awalnya menganggapnya sebagai rumor konyol, keduanya segera menemukan bahwa hantu memang nyata dan bahwa mereka mengejar mereka! Gakkou no Kaidan adalah kisah menyeramkan tentang kehidupan saudara kandung ini dan teman-teman baru mereka saat mereka mencoba untuk bertahan hidup dari hantu sekolah — dengan sedikit bantuan dari kucing peliharaan mereka di sepanjang jalan.