Ada dua gedung kembar tertinggi yang segera dibuka di kota Nishitamashi. Dengan tingginya tersebut, gedung yang berlantai 75 itu pun telah menembus pencakar langit. Dalam suatu perjalanan, Conan dan timnya mampir di gedung tersebut. Conan dan kelompoknya bertemu dengan Ran, Sonoko dan Kogoro Mouri dimenara gedung itu. Tampaknya, Tokiwa Mio selaku president digedung itu sudah kenal sama Kogoro satu lain di Universitas, sehingga Tokiwa mengundang Kogoro ke gedung tersebut sebelum menara itu diresmikan dan dibuka untuk umum. Sementara itu, Conan dan kelompoknya melihat sesuatu yang janggal pada mobil yang diparkir didepan gedung. Bahkan sosok jahat Organisasi Hitam (Kuro Soshiki) juga hadir, maka bakal terjadi sesuatu pada gedung ini. Benar saja, dugaan Conan dan gangnya, Ooki Iwamatsu, anggota dewan kota yang dilibatkan pada proyek menara kembar tersebut, mati terbunuh.