Setelah menghadiri pesta pembukaan, Conan, Profesor Agasa, Ran Mouri, dan Detektif Cilik menikmati pemandangan dari dek yang berada di Menara Pohon Bel. Tiba-tiba, sebuah peluru mengenai kaca jendela dan mengenai jantung seorang laki-laki, yang menyebabkan orang-orang di sekitar menjadi panik. Conan menggunakan fungsi pembesaran yang terdapat pada kaca matanya untuk mencari tahu asal datangnya peluru. Conan menyadari ada seseorang di kejauhan. Lalu, Conan dan Masumi Sera mengejar bayangan itu dengan sepeda motor. Namun, pengejaran itu berakhir ketika tersangka itu mencoba mengebom mobil polisi. Tersangka tersebut akhirnya menghilang di laut.

Investigasi tersebut dihubungkan ke bagian Angkatan Laut Amerika Serikat, Angkatan Laut SEALS, mantan petinggi militer lainnya yang berada di Jepang. Namun, semakin lama, semakin banyak korban yang jatuh seiring penyelidikan berlanjut. Conan merasa dia juga berada dalam bidikan tersangka tersebut. Dan Subaru Okiya juga bergerak secara diam-diam.