Gubernur Tokyo bernama Yuuichirou Asakura mendapat ancaman bom yang akan meledak pada kereta baru yang akan dia resmikan. Untungnya Conan menemukan bom tersebut dan gubernur pun selamat walaupun kereta tersebut rusak parah. Conan berpikir bahwa pengeboman ini mungkin berhubungan dengan sebuah dam buatan sang gubernur di Niigata yang bernama bendungan Kitanosawa. Conan dan kawan-kawan pun pergi ke tempat tersebut. Sesampai di sana mereka bertemu seseorang yang baru keluar di penjara bernama Keisuke Yamao. Dia di penjara karena dia di duga sebagai pelaku tabrak lari. Korbannya bernama Natsuki Toono. Di pagi keesokan harinya, grup detektif cilik membangunkan seorang anak yang melakukan terapi fisik selama delapan tahun karena terjatuh ke jurang yang bernama Touma Tachihara. Conan berpikir bahwa dia kemungkinan mempunyai hubungan dengan Yamao karena kasus saat dia jatuh ke jurang bersamaan dengan kasus tabrak lari Yamao. Namun Touma sendiri tidak dapat mengingat apa yang terjadi saat itu.