Setelah badai makanan dalam film pertama, Flint dan teman-temannya terpaksa meninggalkan kota. Flint menerima undangan dari idolanya Chester V untuk bergabung dengan The Live Corp Company, yang telah ditugaskan untuk membersihkan pulau itu, dan di mana penemu terbaik di dunia menciptakan teknologi untuk perbaikan umat manusia. Ketika Flint menemukan bahwa mesinnya masih beroperasi dan sekarang menciptakan binatang buas mutan seperti acar hidup, tuna lapar, shrimpanzees dan apple pie-thons, dia dan teman-temannya harus kembali untuk menyelamatkan dunia.